COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 29.949925 23.849793 24.292587
2020-12-25 17:00:00 28.538234 28.538234 24.182647
2020-12-24 17:00:00 23.372417 23.372417 24.029720
2020-12-23 17:00:00 21.780931 21.780931 23.862951
2020-12-22 17:00:00 24.207503 24.207503 23.734103
2020-12-21 17:00:00 25.679059 25.679059 23.628024
2020-12-20 17:00:00 23.492083 23.492083 23.618642

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 24.817518 3.536141 19.650925
2020-12-25 17:00:00 27.493917 27.493917 19.867382
2020-12-24 17:00:00 17.825739 17.825739 19.679098
2020-12-23 17:00:00 26.288660 26.288660 19.626833
2020-12-22 17:00:00 11.977716 11.977716 20.112711
2020-12-21 17:00:00 14.953271 50.467290 20.460252
2020-12-20 17:00:00 18.336163 18.336163 20.244013

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 44.642857 44.642857 15.448169
2020-12-25 17:00:00 18.956044 18.956044 15.020933
2020-12-24 17:00:00 20.889488 9.636119 14.627030
2020-12-23 17:00:00 14.754098 14.754098 14.518922
2020-12-22 17:00:00 11.382114 11.382114 13.823077
2020-12-21 17:00:00 10.917031 30.567686 13.351812
2020-12-20 17:00:00 17.936118 17.936118 12.638684

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 16.772824 12.334114 12.334058
2020-12-25 17:00:00 12.703905 12.703905 11.953582
2020-12-24 17:00:00 13.125336 13.125336 11.499457
2020-12-23 17:00:00 8.682360 14.038557 11.191536
2020-12-22 17:00:00 12.102243 12.102243 10.829398
2020-12-21 17:00:00 8.136095 11.072664 10.612843
2020-12-20 17:00:00 11.630322 11.630322 10.410510

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 24.976830 24.976830 11.438089
2020-12-25 17:00:00 8.632047 8.632047 11.443832
2020-12-24 17:00:00 8.492507 8.492507 11.149864
2020-12-23 17:00:00 22.838185 22.838185 11.105060
2020-12-22 17:00:00 80.796731 80.796731 10.757023
2020-12-21 17:00:00 8.983359 8.983359 10.530776
2020-12-20 17:00:00 7.026260 7.026260 10.450645

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 48.954558 38.315514 36.504101
2020-12-25 17:00:00 46.788385 37.219534 36.494926
2020-12-24 17:00:00 29.047210 36.457660 36.366750
2020-12-23 17:00:00 23.693599 34.984260 35.712281
2020-12-22 17:00:00 26.200676 37.294250 35.397132
2020-12-21 17:00:00 43.092728 34.502165 35.473096
2020-12-20 17:00:00 37.900433 37.900433 35.354580

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 36.245955 36.245955 30.786116
2020-12-25 17:00:00 37.897469 37.897469 31.010517
2020-12-24 17:00:00 32.259317 32.259317 30.966974
2020-12-23 17:00:00 33.311646 33.311646 31.093430
2020-12-22 17:00:00 28.940432 28.940432 31.484386
2020-12-21 17:00:00 29.683698 29.683698 31.108350
2020-12-20 17:00:00 35.224839 35.224839 31.077024

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 27.511024 27.511024 22.444838
2020-12-25 17:00:00 24.150243 24.150243 22.148025
2020-12-24 17:00:00 23.283262 23.283262 21.432308
2020-12-23 17:00:00 16.004060 16.004060 20.883617
2020-12-22 17:00:00 24.622443 24.622443 20.493571
2020-12-21 17:00:00 24.486893 24.486893 20.115790
2020-12-20 17:00:00 20.216667 20.216667 19.568843

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 31.192661 23.990385 23.060755
2020-12-25 17:00:00 36.003236 21.925566 23.122719
2020-12-24 17:00:00 29.927007 29.927007 23.832529
2020-12-23 17:00:00 23.170732 23.170732 23.991070
2020-12-22 17:00:00 17.632653 17.632653 23.987586
2020-12-21 17:00:00 36.721992 16.003617 23.961626
2020-12-20 17:00:00 29.687500 29.687500 24.546856

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 26.784523 26.784523 21.814101
2020-12-25 17:00:00 26.942793 26.942793 21.611878
2020-12-24 17:00:00 24.291202 24.291202 21.610501
2020-12-23 17:00:00 21.041830 21.041830 21.709589
2020-12-22 17:00:00 20.243491 20.243491 21.803971
2020-12-21 17:00:00 21.566402 9.739594 21.848682
2020-12-20 17:00:00 21.749667 21.749667 22.112945

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 16.220472 6.238643 9.463260
2020-12-25 17:00:00 11.912288 7.348874 9.651228
2020-12-24 17:00:00 11.382337 11.382337 9.970201
2020-12-23 17:00:00 12.474950 12.474950 10.220647
2020-12-22 17:00:00 13.161711 13.161711 10.424230
2020-12-21 17:00:00 18.222722 4.940531 10.733661
2020-12-20 17:00:00 11.832061 11.832061 11.198647

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 7.887324 7.887324 9.416753
2020-12-25 17:00:00 14.406780 14.406780 9.247695
2020-12-24 17:00:00 10.351035 15.818432 9.052062
2020-12-23 17:00:00 3.840683 3.840683 8.712240
2020-12-22 17:00:00 5.069124 1.659125 8.520600
2020-12-21 17:00:00 16.144975 16.144975 8.226714
2020-12-20 17:00:00 8.083442 8.083442 7.804229

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 NaN 0.000000 26.877691
2020-12-25 17:00:00 11.942257 40.354767 28.415911
2020-12-24 17:00:00 25.539568 25.539568 30.603755
2020-12-23 17:00:00 24.349442 24.349442 33.022081
2020-12-22 17:00:00 27.419355 27.419355 34.404580
2020-12-21 17:00:00 33.858268 33.858268 36.876476
2020-12-20 17:00:00 43.694494 43.694494 38.869933

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 33.972603 33.972603 42.353558
2020-12-25 17:00:00 68.750000 68.750000 42.804424
2020-12-24 17:00:00 68.194842 68.194842 41.359257
2020-12-23 17:00:00 27.351916 27.351916 41.724638
2020-12-22 17:00:00 48.571429 48.571429 40.961611
2020-12-21 17:00:00 21.532847 21.532847 41.070540
2020-12-20 17:00:00 60.674157 60.674157 41.615293

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 34.577114 17.908525 28.334586
2020-12-25 17:00:00 39.361224 39.361224 29.124118
2020-12-24 17:00:00 30.036942 30.036942 27.499078
2020-12-23 17:00:00 30.155139 30.155139 26.039807
2020-12-22 17:00:00 19.941133 19.941133 24.683634
2020-12-21 17:00:00 27.191811 27.191811 23.809990
2020-12-20 17:00:00 36.959429 36.959429 23.212365

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 63.477246 106.067678 35.204235
2020-12-25 17:00:00 63.544940 63.544940 34.355953
2020-12-24 17:00:00 35.893648 35.893648 33.223016
2020-12-23 17:00:00 19.966087 19.966087 32.456636
2020-12-22 17:00:00 22.937942 22.937942 30.990325
2020-12-21 17:00:00 32.150143 32.150143 30.121228
2020-12-20 17:00:00 35.031001 35.031001 30.241098

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 8.257757 5.136580 8.029087
2020-12-25 17:00:00 12.390185 8.997274 8.013028
2020-12-24 17:00:00 8.999456 8.999456 8.034132
2020-12-23 17:00:00 7.025333 7.025333 8.071340
2020-12-22 17:00:00 7.461476 7.461476 8.086491
2020-12-21 17:00:00 14.768772 8.646288 8.200576
2020-12-20 17:00:00 8.921400 8.921400 8.244598

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 13.474610 18.285905 17.418726
2020-12-25 17:00:00 17.081851 17.081851 17.234704
2020-12-24 17:00:00 17.741265 17.741265 17.098775
2020-12-23 17:00:00 16.044070 16.044070 17.018911
2020-12-22 17:00:00 17.399766 17.399766 17.100501
2020-12-21 17:00:00 16.971081 16.971081 17.187131
2020-12-20 17:00:00 17.277487 17.277487 17.245806

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 21.213720 10.799194 12.505021
2020-12-25 17:00:00 16.106148 16.106148 12.550785
2020-12-24 17:00:00 15.471283 15.471283 12.684856
2020-12-23 17:00:00 10.786015 10.786015 12.711897
2020-12-22 17:00:00 10.582192 8.266453 12.719775
2020-12-21 17:00:00 21.023256 12.316076 12.882106
2020-12-20 17:00:00 12.274460 12.274460 13.092170

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 11.805556 11.805556 15.277874
2020-12-25 17:00:00 26.697353 26.697353 15.202629
2020-12-24 17:00:00 16.013344 16.013344 15.257317
2020-12-23 17:00:00 15.668663 15.668663 15.248670
2020-12-22 17:00:00 9.982487 9.982487 15.086100
2020-12-21 17:00:00 102.500000 4.149798 14.664524
2020-12-20 17:00:00 13.663845 13.663845 14.736797

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 58.536585 58.536585 20.899334
2020-12-25 17:00:00 33.333333 33.333333 20.582290
2020-12-24 17:00:00 26.717557 26.717557 19.720429
2020-12-23 17:00:00 7.586207 7.586207 19.249665
2020-12-22 17:00:00 20.000000 20.000000 18.852479
2020-12-21 17:00:00 9.183673 9.183673 18.498494
2020-12-20 17:00:00 36.065574 36.065574 18.366761

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-26 17:00:00 45.255605 45.255605 70.429506
2020-12-25 17:00:00 125.281320 125.281320 70.293404
2020-12-24 17:00:00 63.233355 63.233355 70.271858
2020-12-23 17:00:00 64.273406 64.273406 69.934291
2020-12-22 17:00:00 64.870554 64.870554 69.398513
2020-12-21 17:00:00 74.395161 74.395161 69.568443
2020-12-20 17:00:00 88.840413 88.840413 69.825282

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 24.817518 3.536141 19.650925
Basilicata 44.642857 44.642857 15.448169
Calabria 16.772824 12.334114 12.334058
Campania 24.976830 24.976830 11.438089
Emilia-Romagna 48.954558 38.315514 36.504101
Friuli Venezia Giulia 36.245955 36.245955 30.786116
Lazio 27.511024 27.511024 22.444838
Liguria 31.192661 23.990385 23.060755
Lombardia 26.784523 26.784523 21.814101
Marche 16.220472 6.238643 9.463260
Molise 7.887324 7.887324 9.416753
P.A. Bolzano NaN 0.000000 26.877691
P.A. Trento 33.972603 33.972603 42.353558
Piemonte 34.577114 17.908525 28.334586
Puglia 63.477246 106.067678 35.204235
Sardegna 8.257757 5.136580 8.029087
Sicilia 13.474610 18.285905 17.418726
Toscana 21.213720 10.799194 12.505021
Umbria 11.805556 11.805556 15.277874
Valle d'Aosta 58.536585 58.536585 20.899334
Veneto 45.255605 45.255605 70.429506

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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